Un total de 26 Administraciones Portuarias Integrales (API) administran y operan 74 puertos mexicanos, 25 de ellas públicas y una privada, la del Puerto de Acapulco.

Los puertos mexicanos son propiedad del Estado, pero pueden ser concesionados para su administración. Se requiere también una concesión para construir y operar puertos. Las concesiones son válidas por 50 años y pueden renovarse.

Cada API se encarga de construir y operar las terminales dentro del recinto portuario y de prestar servicios portuarios o de contratar a operadores privados. Los contratos deben ser aprobados por la Dirección General de Puertos. Los prácticos de puertos, que solo pueden ser de nacionalidad mexicana, son designados por la Dirección General de la Marina Mercante.

A su vez, la Dirección General de Puertos establece tarifas máximas por el uso de la infraestructura portuaria y la prestación de servicios portuarios (por ejemplo, amarre de cabos, lanchaje, pilotaje y remolque) cuando no existen opciones portuarias u otros modos de transporte que propicien una «competencia razonable» (artículo 60 de la Ley de Puertos).

Las tarifas máximas se determinan con base a un análisis que considera los costos operativos y los gastos administrativos anuales, los costos de capital entre el tráfico observado en el mismo año y las tarifas prevalecientes en el mercado nacional e internacional.

La Comisión Federal de Competencia Económica (Cofece) puede dictaminar que la regulación tarifaria resulta improcedente dadas las condiciones de competencia; desde 2012, la Cofece no se ha pronunciado sobre la regulación tarifaria.

Los principales puertos mexicanos son Altamira y Veracruz en el Golfo de México y Lázaro Cárdenas y Manzanillo en el Pacífico. En el primer semestre de 2016, 95% de la carga transportada por medio de contenedores, 62% de la carga agrícola a granel, 32% de la carga mineral a granel y 37% de la carga general suelta se transportó por estos cuatro puertos.

De acuerdo con el Programa Nacional de Infraestructuras 2014-2018, debido al aumento del comercio internacional los puertos mexicanos, en particular los cuatro más importantes, están operando al límite de su capacidad. La congestión es más notable en las terminales de contenedores, ya que ésta es la modalidad de transporte que ha registrado el mayor aumento.

Por lo tanto, el Programa Nacional de Infraestructuras establece varios proyectos de inversión para ampliar la capacidad de los puertos mexicanos hasta 2018.